Pääbo-17/8 chap15
Chapitre n°15, Des os au génome, Ambrine et Denis
Le chapitre en deux mots
En début 2008, après avoir obtenu plus de 39 millions de fragments de séquence, le personnel de 454 décide de reconstruire le génome mitochondrial du Néandertal en séquençant la totalité de ses nucléotides. Après avoir assemblé une première molécule à partir de ces séquences, le projet ne semble plus avancer, et Pääbo envisage de rejoindre la compagnie concurrente Solexa pour leur technologie bien plus efficace. Après quelques test et corrections de cette technologie, Pääbo décide finalement de rejoindre Illumina qui a racheté la compagnie Solexa pour pouvoir terminer le génome néandertalien à temps.
En février 2009, le génome a enfin pu être séquencé. La nouvelle est annoncé à Leipzig lors d'une conférence de presse.
Mots clés
génome mitochondrial
Aspects
Raisonnement
Après avoir obtenu 39 millions de fragments de séquence, Pääbo et son équipe décident de reconstruire tout le génome mitochondrial du Néandertal.
Pour commencer, l'équipe a du construire une séquence préliminaire de l'ADNmt. Pour cela, Ed Green (un membre de l'équipe de recherche) identifie, parmi ces 39 millions de fragments de séquence, les fragments d'ADN semblables à l'ADNmt des humains actuels. Puis il les compare entre eux pour trouver leurs chevauchements et ainsi construire cette séquence. En se servant de cette séquence comme base, Ed Green a pu identifier ,dans les 39 millions de séquences, les fragments d'ADN qui ressemblaient le plus à sa séquence préliminaire de l'ADNmt néandertalien. Avec ces séquences, il a pu assemblé une première molécule d'ADNmt complète de plus de 16'000 nucléotides.
Après cela, il restait encore à produire les 3 milliards de nucléotides du génome néandertalien. Pour cela, les molécules ont été amplifiées et séquencées des millions de fois par des machines.
Enfin, après cette production massive de séquences d'ADN, l'équipe de recherche a commencé à cartographier le génome pour pouvoir l'analyser et en tirer les premières conclusions.
Technologies de laboratoire
Nature des sciences
Questions
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