Approche moléculaire

Phylogénie moléculaire

Introduction

Deux domaines d'application majeurs :

• Reconstruire l'histoire évolutionnaire de taxons, caractères ou de gènes.
• Analyse de caractères et de vitesses d'évolution

La phylogénie permet d'étudier et comprendre comment ces objets biologiques ont changé au cours du temps. C'est la première étape d'une étude comparative.

Définition : C'est la reconstruction de l'histoire évolutionnaire d'objets biologiques (organismes, gènes …) par comparaison de séquences d'acides nucléiques ou protéiques. L'hypothèse de travail est plus des objets partagent un ancêtre proche, plus leurs séquences doivent se ressembler.

Pour effectuer cette analyse, il faudra donc que les séquences comparées soient orthologues (même gène chez différentes espèces)et il vaudra mieux que la pression de sélection soit plus ou moins restée la même au cours du temps dans les différentes lignées.

Exemple :

• La comparaison des séquences de protéines.

Un code à 20 caractères qui augmente le rapport signal sur bruit (homoplasies).

Sites utilisés :

Uniprot : Obtention des séquences de protéines
Clustal W : Comparaison des séquences
Phylodendron : Construction des arbres phylogénétiques.
Wikipédia Encyclopédie libre

Marche à suivre

• Avec l’aide de l’encyclopédie Wikipédia, sélectionner un organisme par embranchement (Exemple : Pieuvre).

Obtenir le Genre (Octopus).

Copier cette information.

• Ouvrir le site Uniprot. Choisir dans le menu search in Taxonomy.

Dans Query coller le genre de l’organisme choisi.

Choisir les résultats possédant une étoile et les organismes les plus communs (Octopus vulgaris).

• Sélectionner UniProtKB.

Dans Query ajouter à taxonomy:6645 AND Cytochrome c oxidase subunit 1.

Cliquer sur le numéro d’Accession.

• Cliquer sur le rectangle orange FASTA.

Copier les séquences obtenues et coller dans le Bloc-Notes.

• Répéter les points 1 à 4 pour chaque organisme et coller à la suite les séquences obtenues dans le Bloc-Notes.
• Organismes:

• 1 spongiaire (porifère)
• 1 cnidaire (méduse, corail, ...)
• 1 échinoderme (oursin, étoile de mer)
• 2 vers (plat, rond, annelé)
• 2 mollusques (gastéropode, céphalopode, bivalve)
• 2 arthropodes (insecte. arachnide, crustacé, myriapode)
• 3 vertébrés (poisson, amphibien, reptile, oiseau) et 2 mammifères.

Sauvegarder le fichier.

• Ouvrir le site Clustal W.

Copier l'ensemble des données du Bloc-Notes (ctrl-A).

Coller le tout dans le rectangle en bas de la page.

Presser run.

Dans le rectangle Results of search, sélectionnez Guide tree file.

Copier la totalité de l'information.

• Ouvrir le site Phylodendron.

Coller l'information dans le rectangle.

Choisir le style d'arbre (Tree styles).

A ce stade vous pouvez modifier le texte et écrire le nom complet des animaux à la place des codes proposés.

Exemple : (P00395|COX1_HUMAN:0.005848,Q9T9X0|COX1_PANPA:0.005848); devient (P00395|COX1_Homme:0.005848,Q9T9X0|COX1_Bonobo:0.005848);

Choisir le Output Format soit PDF ou GIF Image Map.

Presser Submit

Enregistrer le fichier

• Résultat :