Pääbo-17/8 chap3
Chapitre n°3, Amplifier le passé, Serkan, Ernest, Frédéric
Le chapitre en deux mots
Ce chapitre décrit les rencontres faites et les voyages entrepris par Svante Pääbo dans le but de poursuivre sa quête dans l'extraction et l'amplification de l'ADN ancien. Il a pu présenter son travail sur les momies lors d'une conférence suite au succès de son article dans Nature. Les techniques de PCR et de clonage bactérien lui permettent d'obtenir, à partir d'échantillons de tissus anciens, les séquences qu'il souhaite en les amplifiant de nombreuses fois afin d'avoir une quantité d'ADN suffisante pour l'analyse. Par la suite, cela permettra de mettre en évidence des segments qu'il compare à l'ADN d'animaux actuels. Le but de Pääbo est d'étudier l'histoire de l'humanité à partir d'une approche scientifique et ce en comparant des séquences d'ADN ancien avec des séquences d'ADN actuel. La recherche principale qui est l'étude de l'histoire de l'humanité à partir d'une approche scientifique. Il a pour ce faire besoin de s'adapter aux contraintes techniques, d'appliquer les progrès biotechnologiques et de collaborer avec d'autres scientifiques malgré des rencontres infructueuses. Il doit travailler avec des chercheurs renommés dans l'étude de séquences d'ADN. Il a l'occasion de voyager afin d'étudier des animaux qui lui permettront de comparer leurs séquences à ceux de leurs ancêtres comme avec le loup marsupial (Thylacine).
Mots clés
PCR
clonage bactérien
ADN ancien
évolution convergente
Aspects
Raisonnement
Svante Pääbo expose les différents raisonnements qui le conduisent à des questionnements ancrés dans sa recherche de l'étude de l'ADN ancien. Il s'intéresse par exemple au loup marsupial qui est une espèce éteinte d'Australie et envisage la possibilité de cloner l'ADN de cet animal. Grâce à cela, il pourra savoir si l'idée d'étudier de l'ADN humain ancien est possible. Il se confronte à des raisonnements qui lui paraissent fausses. Il s'agit par exemple de l'évolution humaine à partir des différences existantes dans les séquences d'ADN d'individus vivants et d'en déduire des flux migratoires passés. Cependant, les déductions sont des simplifications abusives, car elles se basent sur des hypothèses qui ne prenaient pas en compte tous les paramètres possibles.
Dans le cadre de ses travaux, Pääbo raisonne à partir de l'évolution convergente. Ce mécanisme explique les ressemblances et les comportements semblables de différentes espèces phylogénétiquement éloignées
mais ont pu évoluer de manière "convergente" dans un milieu environnemental semblable avec des pressions de sélection similaires. En étudiant le lien ancestral entre le loup marsupial et le diable de Tasmanie, Pääbo constate que ces deux espèces sont proches. Par contre, lorsqu'il regarde le lien existant entre ces deux espèces et des marsupiaux d'Amérique du Sud, le lien est très éloigné malgré la ressemblance des marsupiaux américains avec les loups marsupiaux d'Océanie. Il arrive à l'idée que l'évolution a fait en sorte d'engendrer chez les mammifères placentaires, une espèce et chez les marsupiaux, deux espèces qui ressemblaient à des loups malgré leur différences d'un point de vue moléculaire.
Technologies de laboratoire
Afin de répondre à certaines des questionnements que Svant Pääbo se pose, il utilise diverses biotechnologies:
PCR: Il s'agit d'une méthode qui amplifie une séquence d'ADN initial dans le but d'obtenir une quantité suffisante en vue d'une analyse. Cette technique requiert des nucléotides libres, des amorces et une ADN polymérase (pouvant supporter des températures hautes). Dans un cycle de PCR, la première étape consiste à dénaturer l'ADN, c'est-à-dire à séparer les deux brins d'ADN complémentaires à l'aide d'une température élevée. L'hybridation, qui nécessite une température basse, est la seconde étape du processus qui va permettre aux amorces de se fixer à des sites spécifiques qui correspondront à la partie qui sera amplifiée. La dernière étape est la polymérisation qui opère à des températures relativement stables et élevés. Elle permettra à l'ADN polymérase de synthétiser le brin complémentaire en prélevant les nucléotides libre su milieu. Les cycles s'enchainent de manière successive afin d’augmenter la quantité de matériel génétique. La précision de la PCR accentue les problèmes de contamination. L'ADN peut être amplifié à partir d'une infime quantité, la moindre molécule d'ADN étranger peut donc fausser les résultats. Svante Pääbo dois donc mettre en place des méthodes extrêmement rigoureuses afin d'empêcher toute contamination.
Clonage bactérien: C'est une technique qui fait intervenir des bactéries dans le but de cloner des séquences d'ADN. Pour ce faire, un plasmide, qui est utilisé comme un vecteur, contient la séquence désirée et est insérée dans la bactérie qui est généralement Escherichia coli. Puis, lors des divisions cellulaires, les bactéries vont se reproduire, ce qui va augmenter leur nombre et donc la quantité de séquences d'ADN qui leur ont été insérées. L'étape suivante sera de sélectionner les séquences d'ADN souhaitées.
Nature des sciences
Questions
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