Pääbo-17/8 chap9

Chapitre n°9, Essais nucléaire Sahra et Clara

Le chapitre en deux mots

Amplification de l'ADN nucléaire

Mots clés

génome nucléaire
amplification
ours des cavernes
permafrost
positions hétérozygotes

Aspects

Raisonnement

Dans ce chapitre, Svante Pääbo se concentre sur le génome nucléaire. En effet, L'ADNmt peut s'étendre jusqu'à celui-ci. Il serait donc possible d'en récupérer à partir du génome nucléaire. Un de ses nouveaux postdocs tente alors d'amplifier de courts fragments d'ADN nucléaire d'os provenant d'ours des cavernes croates vieux d'entre 30000 à 40000ans. Cette amplification aurait pour but de comparer cet ADNmt à celui de l'ours moderne. Cependant, il n'obtient aucun résultat. Il essaie donc d'utiliser davantage d'os, cependant cela donne rien non plus. Ils décident donc de tester des restes de mammouth venant du permafrost qui se seraient bien conservés avec le temps, dans le but d'en savoir plus sur la survie de l'ADN nucléaire pendant plusieurs milliers d'années. Ils ont décidé de tester une dent de mammouth, que Svante Pääbo avait collecté dans différents musées, qui contenait une quantité importante d'ADNmt. Ils ont pu trouvé un gène très avantageux qui se trouvaient en nombre aussi abondant que l'ADN mitochondrial si l'ADN nucléaire avait survécu. Le post doctorant a ensuite conçu des amorces pour amplifier deux fragments d'un gène, que l'on trouve seulement dans le génome de l'éléphant, et qui code un type de protéine du sang. L'objectif étant de déterminer une séquence issue du mammouth pour la comparer un quelque chose d'actuel. Ils ont découvert un site unique de la séquence qui est une position hétérozygote ou un polymorphisme d'un seul nucléotide. En d'autres termes, il s'agit d'un endroit où les deux copies du gène, que l'organisme a reçu de sa mère et son père sont différentes. Ce qui est une révolution génétique.

Technologies de laboratoire

La première idée de Svante Pääbo était une approche brute. C'est-à-dire, de commencer par tester des échantillons de plusieurs os, trouver ceux où il y avait le plus d'ADNmt, s'axer ensuite sur ceux-ci, pour extraire l'ADN et de ce fait récupérer l'ADN nucléaire. Ils ont donc effectué plusieurs extraction en commençant par l'ADN des ours des cavernes croates. Puis par PCR, d'amplifier ces courts fragments d'ADN nucléaire. Cependant, ils ont constaté qu'il y avait quelque chose qui bloquait l'enzyme que la PCR utilisait, ce qui empêchait l'amplification de donner des résultats. Ils devaient donc trouver qu'est-ce qui inhibait cette PCR. En tentant ensuite de passer à un os de mammouth datant du temps du permafrost. Ils se sont focalisé sur un segment du génome nucléaire qui contenait un gène ARNr 28S. Ce gène ribosomique a ensuite été amplifié. Puis Alex, le postdoc a effectué un séquençage des clones produits de PCR provenant du mammouth ce qui lui a permis de reconstruire la séquence du gène avec les segments qui se chevauchent. Il a donc pu amplifier et séquencer l'ADNr 28S d'un éléphant d'Afrique et d'Asie pour les comparer. A la suite de ses résultats ils ont pu trouver cette position hétérozygote. Ce qui a permis ensuite à Alex d'amplifier des éléments de deux autres gènes à copie unique. Un gène codait une protéine qui régule l'émission de neurotransmetteurs dans le cerveau, alors que l'autre gène codait une protéine qui se lie à la vitamine A et qui est produite par les bâtonnets et les cônes dans les yeux. Ces deux amplifications ont été un succès.

Questions

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